南京医科大学附属儿童医院博士后科研工作站2015设站，2016获批具有独立招收博士后资格，多名知名专家在13个研究方向担任博士后培养导师。该工作站2019、2020年连续2年获得“南京市优秀博士后科研工作站”的称号，完善的学科结构和雄厚的经费支持，可为博士后提供优厚的福利待遇和广阔的发展空间。设站以来，该博士后科研工作站共招收25名博士后，已有7名博士后出站，目前在站博士后18名。承担73项科研课题，纵向经费984万元，共获得国家自然科学基金18项，中国博士后基金19项，江苏省自然科学基金6项，江苏省博士后科研资助4项，江苏省双创博士（境外世界名校类＜创新＞）项目2项，发表SCI收录论文69篇，获宋庆龄儿科医学奖、江苏医学科技奖、南京市科学技术进步奖等科技奖项。

南京医科大学附属儿童医院现有核定床位1742张、员工2000余名，其中正副高级专家341人，医院引进和培育了一批在国内外有影响力的专家，包括国务院政府特殊津贴专家、国家杰青、国家“万人计划”、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、科技部“中青年科技创新领军人才”、江苏省特聘教授、江苏省特聘医学专家、江苏省“杰出青年基金”、江苏省“有突出贡献的中青年专家”、 江苏省双创人才、双创博士、江苏省卫生创新团队、江苏省卫生杰出人才、江苏省卫生拔尖人才、省333高层次人才工程培养对象、江苏省妇幼重点人才、江苏省“科教强卫工程”杰出人才、重点人才，南京市科技之星、南京市科技功臣、南京市中青年拔尖人才、南京市突出贡献中青年专家等百余人。

博士后工作站依托省级科研平台“江苏省儿童重大疾病研究重点实验室”、市级科研平台“南京市儿科重点实验室”及“南京医科大学先心病重点实验室”、“南京医科大学血液病研究实验室”等先进实验技术平台开展科学研究，实验室面积达5000余平方米，设置了基因实验室、流式细胞实验室、病毒实验室、遗传实验室、中心实验室等研究平台，拥有万级细胞培养洁净实验室、基因扩增检验实验室、多台荧光定量PCR测定仪、流式细胞仪、染色体分析系统、串联质谱、气相质谱、全自动酶标仪、凝胶图像分析系统、荧光倒置显微镜、深低温冰箱等实验仪器设备，可以开展细胞学、分子生物学、遗传学等相关临床检测和课题实验。是基础与临床相结合的转化型医学研究平台，区域性儿童疾病基础研究与临床诊治中心。突出儿科临床医学导向，充分发挥特色诊疗优势，将宏观与微观相结合、基础和临床相转化，在儿童重大疾病领域进行自主创新研究, 已形成一支结构合理、特色鲜明、有一定国际知名度的科研团队。

十三五以来，医院科研实力突飞猛进，承担581项科研课题，纵向经费8486万元，其中国家级课题88项，包括国家重点研发计划、国家自然科学基金杰出青年基金、重大项目、重点项目等重要项目，位居全国儿童医院前列。在Science Translational Medicine、Molecular Cancer、Diabetes Care、Journal of the American Society of Nephrology等重要国际学术期刊发表SCI收录论文500余篇，最高影响因子16.304分。医院获得国家科技进步二等奖、宋庆龄儿科医学奖、江苏省科技进步奖、中国妇幼健康科技奖、江苏医学科技奖等55项科技奖项。授权专利433项，成果转化率逐年增高。出版《儿科学》、《小儿外科学》、《小儿内科学》、《新生儿学》、《小儿传染病学》、《儿童保健学》等八十余部重要专著。医院现有包括国家药品临床研究基地（GCP）、国家级博士后科研工作站等国家级平台（基地）17个，省级质控诊疗中心17个。在复旦大学中国最佳医院排行榜上，多年持续全省第一。